多肽厂家的可能降解方式：
1、水解 - 这通常发生于序列中含有Asp (D)的多肽，因为这种多肽易于脱水生成环状亚胺中间物。例如，当序列中含有Asp-Pro (D-P)时,酸催化的环状亚胺中间物形成可导致肽链断裂。同样,当序列中含有Asp-Gly (D-G)时，环状中间物可被水解生成原始Asp形式（无害）或者可能为非活性形式的异天冬氨酸类似物。最后,所有天冬氨酸完全转化为异天冬氨酸类似物。在较小程度上,含有Ser (S)的序列也能形成环状亚胺中间物,从而结束肽链的断裂。
2、脱氨基 - 这种碱催化反应常出现于含有Asn-Gly (N-G)或Gln-Gly (Q-G)的序列，其机制与Asp-Gly (D-G)序列类似。Asn-Gly序列脱氨基（失去胺）生成环状亚胺中间物，随后经水解生成Asn的天冬氨酸或异天冬氨酸类似物。此外，环状亚胺中间物可导致外消旋作用，生成Asn的D-Asp或D-iso-Asp类似物，所有这些均可能为非活性形式。
3、氧化- Cys和Met残基是发生可逆性氧化的主要残基。高pH环境可加速半胱氨酸的氧化,其中,巯基更易于去质子化并容易形成链内或链间二硫键。使用二硫苏糖醇（DTT）或三(2-羰基乙基)磷盐酸盐（TCEP）处理，可以很容易地逆转二硫键形成。通过化学和光化学途径使甲硫氨酸发生氧化，形成甲硫氨酸亚砜并进一步形成甲硫氨酸砜，这两者几乎不可逆转。
4、二酮哌嗪和焦谷氨酸形成 - 二酮哌嗪形成通常发生于Gly位于N末端起第三个位点的情况下，特别是当Pro或Gly位于第1或2个位置时。多肽厂家介绍该反应涉及第二个与第三个氨基酸之间的酰胺羰基上N末端氮的亲核攻击，这会导致二酮哌嗪形成中前两个氨基酸的断裂。另一方面，如果Gln位于N末端，则焦谷氨酸形成几乎是不可避免的。这是一个类似反应，其中，N末端氮攻击Gln的侧链羰基碳，形成一个脱氨基焦谷多肽类似物。这种转变还发生于N末端含有Asn的多肽,但程度较小。
5、外消旋作用 - T该术语被广泛用于描述氨基酸或多肽的手性完整度总损失。外消旋作用涉及氨基酸的一个对映体（通常为左旋形式）的碱催化转化，生成左旋和右旋对映体的1:1混合物。多肽厂家介绍这在多肽合成中是一个大问题，但在最终所得多肽中仅是一个小问题。此外，这种转变非常难检测和难控制。
